Nakon ždrijeba održanog u sjedištu UEFA-e u Nyonu hrvatski klubovi doznali su svoje suparnike u nastavku europskih kvalifikacija. Ždrijeb drugog pretkola Europske lige održan je u 13 sati, dok je sat kasnije na rasporedu bio ždrijeb iste faze Konferencijske lige. U drugom pretkolu Konferencijske lige Rijeka će igrati protiv poraženog iz dvoboja CSKA Sofija – Derry City, a prva utakmica igra se na Rujevici.
Varaždin je kao nenositelj izvukao češki Hradec Králové, pri čemu se prva utakmica igra u Hrvatskoj. Među mogućim protivnicima Varaždin je imao i bečki Rapid, škotski Hibernian te pobjednike dvoboja Glentoran – RFS i Petrovac – Žalgiris. Rijeka je u ždrijeb ušla kao nositelj, a među mogućim protivnicima imala je slovački DAC, mađarski Paksi, ljubljanski Bravo i pobjednika susreta Dečić – Liepāja.
Hajduk je čekao rasplet koji ovisi o njegovom ishodu u prvom pretkolu Europske lige protiv slovačke Žiline. U slučaju prolaska Žiline, Splićani će u drugom pretkolu Europske lige igrati protiv ciparskog Pafosa, pri čemu bi prvu utakmicu odigrali na Poljudu, a uzvrat na Cipru. Pafos je prošle sezone igrao ligašku fazu Lige prvaka, a natjecanje je završio s devet osvojenih bodova.
Osvajanjem drugog mjesta u HNL-u Hajduk je dobio europski padobran pa i u slučaju ispadanja od Žiline ima popravni ispit. U tom slučaju natjecanje nastavlja u drugom pretkolu Konferencijske lige, gdje je izvukao poljske Katowice. Ostali mogući protivnici u toj fazi bili su belgijski Gent, rumunjski FCSB, armenski Noah i kazahstanski Tobol.
Iako HNL sezona kreće početkom kolovoza, ove utakmice igraju se ranije. Prvi susreti drugog pretkola na rasporedu su u četvrtak 23. srpnja, dok su uzvrati zakazani tjedan dana kasnije, 30. srpnja. Pafos FC osnovan je 2014. godine spajanjem dvaju lokalnih klubova, a najveći uspjeh ostvario je osvajanjem naslova prvaka Cipra u sezoni 2024./25.
